Explicaciones que ha dado ante la repercusión que su dicho ha causado en los medios y en algunas personas del ámbito socialista vasco. Así Patxi López le ha exigido una rectificación ante unas palabras "tan lejos del humanismo cristiano" y Elena Valenciano en su blog lo llama "el obispo sin alma". Dice que "mucha gente habrá comprendido ayer, tras la cruel y desalmada declaración de Munilla en la cadena SER, por qué el clero vasco se mostraba tan crítico”, preguntándoles además: “Sr. Munilla: tras la muerte, ¿dónde van los que no tienen alma?".

He aquí las explicaciones que ha dado el flamante obispo en las que mantiene su tesis de que es un mal mayor  que esos muertos en el terremoto no alcancen la felicidad eterna prometida por Dios que la muerte violenta- subitanea e improvisa morte, la indeseada- sobrevenida a 100.000 hijos de Dios:

“Observo que tras la entrevista que realicé ayer en los micrófonos de la Cadena Ser, se está difundiendo en algunos medios un titular que considero profundamente distorsionador de la realidad: “Existen males mayores que la tragedia de Haiti”. Considero injusto el titular, porque sugiere desinterés por mi parte hacia los damnificados del terremoto", “estas informaciones estaban buscando un titular sacado con "forceps" a través de una pregunta teológica que le realizó la entrevistadora referente a "cómo creer en la existencia de Dios ante el sufrimiento de tantos inocentes", "yo expliqué que el mal que sufren esos inocentes no tiene la última palabra, porque Dios les ha prometido la felicidad eterna. En ese contexto, utilicé la expresión "existen males mayores", refiriéndome explícitamente a otro tipo de mal, al “pecado” de quienes vivimos en los países ricos y somos cómplices de una opulencia insolidaria hacia los pobres. Como es obvio, yo estaba hablando en un plano teológico dando respuesta a una pregunta de índole teológico".

El  teletipo de EFE  decía que "el obispo de San Sebastián, José Ignacio Munilla, ha asegurado hoy que existen males mayores que los que están sufriendo en Haití y ha estimado que deberíamos llorar por nuestra pobre situación espiritual y nuestra concepción materialista de la vida'".